Da Wikipedia: ambientado na era moderna, a história é sobre Miharu Rokujou, que só queria viver uma vida normal e herdar um restaurante Okonomiyaki. No momento, seu maior problema era a constante importunação de Kouichi Aizawa e Durandal Thobari Kumohira, que fundou um Clube Nindō (忍 道?, Lit. “O Caminho do Ninja”). Miharu não queria ter nada a ver com “ninjas” e recusa-os sempre. Mas logo, ele é atacado por um grupo real de ninjas e é protegido por Kouichi e Kumohira. Lá, Miharu aprende sobre o mundo ninja oculto Nabari, os papéis de seu colega de classe e professor naquele mundo e da arte secreta Shinra Banshou (森羅 万象 Shinrabanshō ?, literalmente, “todas as coisas da natureza”) dentro dele. A arte secreta, contendo todo o conhecimento do mundo, é extremamente cobiçada em Nabari. E por causa disso, Miharu não pode voltar à sua vida normal. Ele deve se tornar o “Governante de Nabari” para sobreviver. De Baka-Updates: Rokujou Miharu era um estudante aparentemente relutante do segundo grau vivendo em seu próprio mundo. No entanto, dentro dele, espreitava o poder final de Nabari, “Onipotente”. Para possuir tal arma suprema, o Wolf Pack de Iga jurou trazer Miharu de volta para a aldeia de Iga. Por outro lado, o professor de inglês de Miharu, Kumohira sensei, e o colega de classe Kouichi, eram os ninjas Banten cuja missão era proteger Miharu. Uma guerra travada pela propriedade de “Onipotente” começou assim. Para sobreviver, Miharu deve entrar no mundo escondido de Nabari, para se tornar o rei.
