A paz pode ter sido restaurada para Hoenn depois que os esquemas do mal da Equipe Aqua, Equipe Magma e mais tarde Guile Hideout foram colocados de lado. No entanto, quando uma nova crise se aproximou, Steve Stone não teve escolha a não ser contar com a ajuda de Ruby, Sapphire e Emerald mais uma vez. O que tornou necessário que os jovens treinadores explorassem os misteriosos poderes da Mega Evolução? A crise estava de alguma forma relacionada aos estranhos símbolos 'ômega' e 'alfa' em uma pintura mural nunca vista antes de Groudon e Kyogre na Caverna de Granito? Joseph Stone, pai de Steven e presidente da Devon Corporation, pode estar certo de algo importante quando avistou o imperceptível sinal de 'delta' na pintura ...
