A história de Kanon, ambientada no meio do inverno, diz respeito a um grupo de cinco garotas que estão conectadas ao mesmo garoto. Yuichi Aizawa, o protagonista principal, havia visitado a cidade onde a história se passa sete anos antes do início da história.
No começo, Yuichi é muito distante da cidade e de seus habitantes. Antes de seu retorno, é decidido que ele deve ficar com sua prima, Nayuki Minase, e sua mãe, Akiko. Após sua longa ausência, Yuichi esqueceu quase tudo, exceto pequenos detalhes do que aconteceu sete anos antes e precisa ser lembrado do que deixou para trás.
No dia seguinte ao retorno de Yuichi, ele saiu com Nayuki, que estava mostrando a cidade para ele. Nayuki lembra que ela tem que comprar coisas para o jantar e Yuichi está relutante em ir com ela, argumentando que ele pode se perder. Momentos depois que Nayuki o deixou esperando na calçada, uma garota estranha chamada Ayu Tsukimiya invade ele sem aviso prévio. Ao se recuperar, ela o arrasta para um café próximo e confessa ter inadvertidamente roubado uma sacola cheia de taiyaki após ser acidentalmente assustada pelo vendedor antes que ela tivesse a chance de pagar. Yuichi então arrasta Ayu de volta para o vendedor, os dois se desculpam pelo problema e Ayu é perdoado. Eles decidem se encontrar novamente outro dia e Ayu foge.
Yuichi não está ciente no começo, mas três outras garotas que ele havia esquecido estão familiarizadas com ele. Ao longo da história, enquanto ele aprende sobre os tons sobrenaturais da cidade, Yuichi é lembrado de cada garota e dos eventos de sete anos atrás na cidade coberta de neve.
