Baseado em um popular jogo otome, Hakuouki segue Chizuru e os Shinsengumi em uma realidade alternativa. Chizuru viaja para Kyoto em busca de seu pai desaparecido, mas depois de se envolver em um incidente, acabou sendo acolhida pelos Shinsengumi, onde conhece os membros, incluindo os famosos Hijikata Toshizo e Okita Soshi. O pai de Chizuru estava conduzindo pesquisas do governo para fortalecer os Shinsengumi e desenvolveu o ochimizu. O ochimizu é uma fórmula que fornece efeitos demoníacos de força e regeneração, mas, uma vez tomado, o usuário experimenta uma dor extrema e acaba se transformando em um monstro faminto por sangue.
Na tentativa de defender Chizuru, Hijikata pega o ochimizu e, embora a situação tenha sido salva, ele agora é afetado pela doença. Okita também é forçado a tomar a fórmula quando sua tuberculose o impede de defender Chizuru e ele próprio. Sentindo-se responsável por suas ações, Chizuru deve combater seu sentimento de desamparo e encontrar a coragem de apoiar os Shinsengumi.
