Resumo
Yuuki Ashikaga é um calouro do ensino médio na Academia Sakakino. Enquanto trabalhava como bibliotecário, ele fica apaixonado por Kotonoha Katsura, uma garota que freqüenta a biblioteca. Infelizmente, Kotonoha já está namorando Makoto Itou, outro colega de escola.
A situação fica ainda mais complicada quando Chie, a irmã mais velha de Yuuki, o apresenta a Roka Kitsuregawa, seu kouhai no clube de basquete. Roka se interessa por Yuuki, que só tem olhos para Kotonoha. Para deixá-lo com ciúme, Roka mente e afirma que já tem um namorado, seu ex-colega de classe Makoto Itou. Infelizmente para todos eles, a mentira de Roka desencadeia uma cadeia de eventos que ninguém poderia ter previsto ...
Nota: Cross Days acontece no meio da história original dos School Days e fornece uma visão alternativa de como as coisas podem ter acabado.