Em 2065, a Terra está no centro de uma guerra com alienígenas dimensionais adicionais chamados Nova. As forças armadas desenvolvem e treinam Pandora, filhas que podem usar um tecido genético especial chamado Stigmata (Seikon) para mostrar sistemas e habilidades de armas de combate sobre-humanas. Apoiando as Pandoras estão parceiros masculinos chamados Limiters, que usam poderes de “congelamento” específicos para restringir a liberdade de seus competidores.
Qualquer um desses limitadores é Kazuya Aoi, cuja irmã falecida era uma Pandora. Kazuya conhece uma Pandora forte, Satellizer el Bridget, apelidada de Rainha Intocável, por seu estilo insensível e sua afefobia extrema enquanto frequentava a West Genetics Academy no Japão. Apesar dos avisos de seus colegas de escola para ficar longe de Satellizer, ela se torna amiga de Kazuya e pede para ser seu limitador. Satellizer consente em se associar com ele, mesmo que ela logo caia em uma competição no caso de amor chamada Rana Linchen, que acredita que Kazuya é sua alma gêmea depois de apoiá-la em várias lutas contra adversários universitários de mudança de posições e cursos. Quando os Novos atacam seu colégio utilizando Pandoras sob seu controle para obter acesso ao laboratório subterrâneo da instituição, sua competição é eliminada.
Satellizer e Kazuya juntam-se a alguns alunos da West Genetics em um laboratório no Alasca, onde podem ajudar na tarefa Evolution Pandora (E Pandora), permitindo que mulheres normais façam transplantes de estigma para se tornarem Pandora. Quando uma das Pandoras E enlouquece, os outros questionam se os medicamentos da experimentação não são perigosos, mas devem obedecer aos desejos da organização empresarial e também do gerente. Ao descobrir que, até que tenham sido dispensáveis, eles serão utilizados, a E-Pandora Amelia Evans dirige uma revolta que se transforma em uma completa no Nova Clash.
Kazuya aprende mais sobre os vínculos de sua família com o Nova e também com o Pandora. O avô de Kazuya, Gengo Aoi, encontrou o mesmo trabalho, o que coloca Rana e Satellizer em um time único com mulheres chamadas Valquírias. No entanto, ao longo da atividade de demonstração com Nova customizada que é manequim, delírios são vivenciados pelas Pandoras, assim como o manequim Novas se torna uma legião de centenas de Nova que dizimam a Genética. Gengo se opõe a isso liberando as Pandoras Lendárias, que são as tias de Kazuya. O esforço Chevalier para assassinar Gengo empregando vários condenados chamados Busters, quando algumas das Pandoras lendárias se transformam em Novas letais, mas a missão se desfaz.
