O Império da Britannia invadiu o Japão usando armas robóticas gigantes chamadas Knightmare Frames. O Japão foi reduzido à Área 11, uma colônia imperial, e seu povo referido como os Onze. Na época, Lelouch, um jovem britânico que se exilou no Japão, prometeu a seu amigo japonês Suzaku que ele destruiria a Britannia.
Anos depois, Lelouch é um estudante do ensino médio que regularmente mata a escola para jogar xadrez e apostar. Quando ele se depara com um grupo terrorista de Elevens que é capturado por uma força-tarefa britânica após roubar um segredo militar, Lelouch é inesperadamente reunido com Suzaku, que trabalha como membro do exército britânico. Quando o resto da força-tarefa chega, Suzaku é baleado por desobedecer ordens, enquanto o segredo militar, uma jovem garota, dá a Lelouch o poder de fazer qualquer um obedecer a qualquer ordem. Assumindo o comando dos terroristas, Lelouch adota o pseudônimo de “Zero” e começa sua rebelião para esmagar a Britannia de uma vez por todas. No entanto, seu maior amigo logo se torna um de seus inimigos mais problemáticos quando Suzaku se torna o piloto do novo modelo de teste da Britannia, Knightmare, o Lancelot.
Nota: O enredo é um pouco diferente do anime.
