Um tipo de teste Zoanoid escapa da Kronos Corporation com três unidades Guyver. Soldados Kronos tentam recuperar as unidades do tipo de teste, mas são frustrados quando o tipo de teste detona uma bomba que ele escondeu em sua bolsa. As unidades Guyver estão espalhadas na explosão. Dois jovens estudantes do ensino médio, Sh? Fukamachi e Tetsur? Segawa, tropeça em uma Unidade Guyver perdida conhecida como “Unidade I”. O segundo é recuperado por Kronos e se funde com Oswald A. Lisker para se tornar o segundo Guyver mais tarde. A unidade final cai nas mãos de Agito Makishima, que se funde com ela em um momento não especificado. Sh? acidentalmente ativa a unidade que então dolorosamente se funde com ele.
Com o tempo, Sh? aprende mais sobre o Guyver e suas habilidades. O Guyver é virtualmente invulnerável, e seu único ponto fraco é o Metal de Controle. Com essa parte intacta, ele pode reconstruir o host a partir dos dados armazenados. Se esta parte estiver danificada, no entanto, o host é comido vivo pela unidade e perece. Isso é desconcertante e Sh? começa a questionar se ele estará livre do Guyver. A situação piora gradualmente com o aparecimento de Zoanoides continuamente mais poderosos. Isso torna cada vez mais difícil proteger seus amigos, que não são imortais.
