A última ordem começa quando a nanotecnologia de Desty Nova ressuscita Alita na cidade flutuante de Tiphares. Os segredos negros da cidade são violentamente expostos, mas parece ser uma pequena porção de um mundo complicado. Indo ao espaço com velhas e novas empresas para aprender mais sobre seu passado esquecido e igualmente, para procurar seu amigo perdido Lou Collins, Alita se vê envolvida em uma batalha interplanetária entre as principais potências do sistema solar que foi colonizado. No caminho, ela forma uma aliança com três das Alita Replicas que agora começaram a acreditar por si mesmas, um superhacker desagradável, e com o próprio Nova quando ela entra no Zenith of Things Tournament (ZOTT), uma competição de luta realizada a cada 10 anos. Incluindo a maneira como a Terra apareceu após um inverno de impacto cataclísmico que varreu a maioria do público ao longo da narrativa, mais história sobre o cenário de Battle Angel Alita que não havia sido divulgada na seqüência anterior é mostrada.
