O enredo segue uma equipe de mercenários piratas chamada Lagoon Company, que contrabandeava mercadorias pelos mares do Sudeste Asiático do início a meados dos anos 90. Sua base de operações está situada na cidade portuária fictícia de Roanapur, no sudeste da Tailândia (em algum lugar no distrito de Amphoe Mueang Trat, provavelmente no continente norte / nordeste da ilha de Ko Chang ou na própria ilha). A ilha é o lar de uma ampla variedade de todos os tipos de batedores de carteira, bandidos, mercenários, ladrões, prostitutas, assassinos e pistoleiros, a Tríade, cartéis franceses e cubanos e a Yakuza. Eles transportam itens no barco PT Black Lagoon, tipo Elco, de 80 m. Lagoon Company faz negócios com vários clientes, mas tem uma relação especialmente amigável com todo o sindicato do crime russo Hotel Moscow. O grupo assume muitas atribuições diferentes - que podem envolver tiroteios brutais, combate corpo a corpo e conflitos náuticos - em diferentes lugares do sudeste asiático, mesmo indo tão significativamente quanto a ilha de Phu Quoc no Vietnã e quando não estão fazendo muito, os membros do Lagoon Company passa grande parte do tempo ocioso no The Yellow Flag, um pub em Roanapur que geralmente é destruído em tiroteios.
