Este mangá se passa em uma escola onde os alunos são baseados em shoguns famosos da história japonesa. Sengoku Gakuen já foi como uma escola normal, mas Oda Nobunaga, o presidente estudantil, derrubou os professores e praticamente os deixou impotentes. Ele construiu uma escola dos alunos, para os alunos e pelos alunos. Nobunaga finalmente se formou e deixou Hideyoshi no comando como presidente estudantil. No entanto, Hideyoshi logo abandona a escola para ajudar Nobunaga a governar o Japão como ele governou Sengoku Gakuen.
A história começa aqui quando há uma batalha entre Ishida Mitsunari, um garoto tenso e conservador, mas trabalhador, e Tokugawa Ieyasu, o presidente temporário da escola que tem muitos seguidores, lutando pela cadeira de presidente da escola. Também vemos outras figuras famosas como colegas estudantes, como Ootani Yoshitsugu, que segue lealmente Mitsunari e Oichi, a irmã mais nova de Nobunaga. Quem conquistará o cargo de presidente do corpo discente e assumirá o comando da escola?
