O show começa apresentando amigos jovens com uma camaradagem bastante poderosa e próxima, Syaoran, um jovem arqueólogo que está investigando uma ruína dentro de Sakura, e o Reino de Clow, princesa do Reino de Clow e filha do falecido rei Clow Reed. Quando Sakura e Syaoran nos visitam nas ruínas, seu espírito assume a forma de um conjunto de asas fantasmagóricas que se desintegram em outros tamanhos. Syaoran satisfaz a Bruxa Dimensional, Yuko Ichihara, a quem ele implora por ajuda para conservar Sakura enquanto ela desce para um estado catatônico de quase morte. Yuko pode ser vista por dois outros, cada um com seu desejo particular: Kurogane, um ninja que quer voltar para seu mundo natal depois de ser banido de seu mundo pela Princesa Tomoyo para que ele possa entender o que é o verdadeiro poder; e Fai D. Flowright, um bruxo que deseja nunca mais retornar ao seu mundo natal, Celes, para evitar que seu rei, Ashura-?. Em troca do poder de atravessar medidas, Yuko precisa que cada um gaste com aquilo que mais valoriza: sua espada Ginry é oferecida por Kurogane?; Fai e Syaoran oferecem a tatuagem que suprime sua tremenda força e energia mágica e todas as lembranças de Sakura que o chamam, respectivamente. Yuko então fornece um animal chamado Mokona Modoki que envia a equipe em uma jornada através dos limites em busca das penas de Sakura. Depois de obter as penas primárias, Sakura começa a recuperar suas memórias e desperta de seu estado catatônico. Durante suas experiências, o grupo lentamente se aproxima do nível em que são rotulados de brincadeira por Fai como parentes. À medida que viajam, eles descobrem que as penas concederão vários poderes não naturais àqueles que as possuem e terão suas próprias capacidades únicas.
Ao longo de sua viagem a Tóquio, a equipe descobre que Syaoran é na verdade um clone imbuído de metade do coração do primeiro Syaoran. Muitos anos atrás, Fei- produziu o clone para coletar as penas de Sakura e o mago que fez com que Sakura perdesse suas lembranças, Wang Reed, fez o primeiro Syaoran prisioneiro. Logo após a primeira ruptura de Syaoran com Fei-Wang, seu coração é perdido pelo clone e se torna uma marionete que segue a vontade de Fei Wang, traindo a equipe. O primeiro Syaoran se junta a Sakura querendo salvar o clone na viagem da equipe. Prevendo outro em que Fai mata o primeiro Syaoran conduzido por Fei-Wang, Sakura é esfaqueada em sua área, mas ao mesmo tempo divide a alma e seu corpo, entregando cada um a Seresu mundos distintos, bem como ao Mundo dos Sonhos, respectivamente. No Dream World, a alma de Sakura é destruída pelo clone Syaoran ao tentar obter as penas. Antes que sua alma morra, Sakura mostra que é um clone da primeira Sakura que também foi feita prisioneira por Fei Wang. Fei Wang posteriormente exige que o corpo de Sakura utilize a energia armazenada. A equipe parte para salvar as duas Sakuras da compreensão de Yuko de que Fei Wang está em uma dimensão alternativa no Reino de Clow. Tal medida paralela é o efeito do desejo de Syaoran de salvar a primeira Sakura da ruína de Fei Wang anos atrás. Para satisfazer sua necessidade, Syaoran tornou-se prisioneiro de Fei Wang e Kimihiro Watanuki, ajudante de Yuko, foi usado para substituir Syaoran nos bastidores em seu primeiro mundo.
A equipe combate Fei Wang, que destrói o clone de Syaoran quando ele o trai. Então ele usa o poder das duas Sakuras e o poder imensamente poderoso para ressuscitar Yuko, acidentalmente congelada no tempo por Clow Reed para evitar sua partida, estabelecendo-se assim como Clow não inferior. Yuko utiliza a magia de Clow como pagamento e sua existência para ajudar a fazer os clones renascerem antes de viverem juntos. Como os 2 entendem que todos os eventos da cadeia ocorreriam, eles próprios são selados pelos clones antes do conflito contra ele na loja de Yuko. A equipe consegue destruir Fei Wang, que prende Syaoran em um vazio entre a área e o tempo, puxando Watanuki e seu clone como resultado da ligação. Aproveitando a partida de seu criador, ambos os clones de Syaoran e Sakura desaparecem deixando duas penas. Watanuki e Syaoran escapam no vazio para conseguir uma recompensa: Syaoran deve continuar enquanto Watanuki deve permanecer na loja de Yuko, passando pelas medidas eternamente. Onde Fai, Kurogane e Mokona optam por se juntar a Syaoran mais uma vez na expectativa de conseguir um meio de restaurar os clones que permanecem como as duas penas, a equipe repousa no Reino de Clow. Antes de seguirem caminhos diferentes, Sakura e Syaoran admitem seu amor próximo, mutuamente poderoso e puro e íntimo um pelo outro enquanto esperam se encontrar novamente.
