Em AG 101 (o 101º ano do calendário da Geração Avançada) uma entidade misteriosa conhecida apenas como “UE”, ou “inimigo desconhecido”, ataca e destrói a colônia espacial Angel. Este ataque brutal se torna famoso como “O dia em que o anjo caiu” e marca o início da guerra da humanidade pela sobrevivência. A série começa em AG 108 quando a UE ataca a colônia espacial Ovan, onde Flit Asuno agora vive depois de escapar da colônia Angel antes de sua destruição. A mãe de Flit pouco antes de ser morta pela UE, ela deu a seu filho um objeto chamado “AGE Device”. Dentro dele, ele descobre o projeto de uma arma poderosa do passado - o antigo messias chamado “Gundam”.
A partir desses projetos, Flit passa os próximos anos estudando engenharia em uma base da Federação Terrestre na colônia espacial de Nora e projetando o Gundam AGE-1. Sete anos depois, em AG 115, Flit completa o Gundam AGE-1 Normal, assim como a UE ataca Nora, e faz uso dele para ajudar a tripulação do encouraçado da Federação “Diva” na evacuação dos cidadãos da colônia antes que seja destruída. Determinado a trazer a batalha para a UE por destruir sua casa duas vezes, Flit concorda em servir no esquadrão de mobile suit de Diva pilotando o Gundam. Após obter dados suficientes e poder militar para estabelecer um curso de ação, a tripulação do Diva e seus aliados lançam um ataque bem-sucedido que destruiu a fortaleza secreta da UE no asteróide Ambat. Lá eles descobrem que os UE são na verdade os descendentes de uma suposta missão humana fracassada enviada para colonizar Marte, deixada para morrer pela Federação Terrestre, que formou sua própria nação no planeta vermelho chamado Veigan.
