Resumo
A história se passa em um futuro distante. A terra está em ruínas e a humanidade estabelece a cidade-forte móvel Plantation. Os pilotos produzidos dentro da Plantation vivem em Mistilteinn, também conhecido como "gaiola". As crianças vivem lá sem saber nada do mundo exterior ou da liberdade do céu. Suas vidas consistem em lutar para cumprir missões. Seus inimigos são misteriosas formas de vida gigantes conhecidas como Kyōryū, e as crianças pilotam robôs chamados Franxx para enfrentá-los. Para as crianças, andar na Franxx prova a sua existência.
Um menino chamado Hiro é chamado de Código: 016 e já foi conhecido como um prodígio. No entanto, ele ficou para trás e sua existência parece desnecessária. Não pilotar um Franxx é o mesmo que deixar de existir. Um dia, uma garota misteriosa conhecida como “Zero Two” aparece diante dele. Dois chifres crescem em sua cabeça.