Marie está presa em uma situação horrível. Ela está sendo constantemente atormentada por seus colegas de classe e regularmente molestada por seu professor. Sem ter a quem recorrer, ela se encontra pedindo ajuda sobrenatural a um dos sete demônios dos sete mistérios de sua escola. Tudo o que ela deseja é a morte de seus cruéis colegas e professores. Até onde Marie estará disposta a ir para realizar os assassinatos que a libertariam de seu inferno?
Higanbana no Saku Yoru ni ocorre em um ambiente escolar sem nome e é composto de várias histórias curtas independentes, cada uma contada da perspectiva de um aluno ou membro da equipe da escola. Essas histórias apresentam o bullying como um dos principais temas subjacentes, já que cada protagonista da história é retratado como sendo uma vítima de bullying ou um agressor. Higanbana gira em torno de uma série de lendas urbanas causadas por seres sobrenaturais chamados y? Kai, cada um dos quais reivindica a propriedade de um “mistério” particular e mata qualquer um que tente investigá-lo. Há um total de sete "mistérios" no início da série, com vários y? Kai lutando uns contra os outros em uma guerra de territórios contínua pela propriedade desses mistérios, que é concedida aos sete y? Kai que emergem vitoriosos no conflito . Os protagonistas das histórias interagem com pelo menos um dos residentes da escola y? Kai, que obriga os protagonistas a lidar com as consequências de suas ações frente ao bullying.
