Resumo
Os irmãos executam a técnica alquímica proibida de transmutação humana em um esforço para ressuscitá-la quando Trisha morre de peste. Como resultado, a transmutação sai pela culatra e na lei com a mesma troca, a perna esquerda e todo o corpo de Alphonse de Edward são arruinados. Edward perde seu braço direito para salvar a alma de Alphonse, prendendo-o com um selo de sangue em uma armadura. Roy Mustang convida Edward a se tornar um método para restaurar o corpo de Alphonse a ser pesquisado por um Alquimista do Estado. Edward triunfa, tornando-se o nome de acordo com seus membros protéticos, o Fullmetal Alchemist.
Três anos depois, os Elrics procuram a lendária Pedra Filosofal para realizar seus objetivos. Marcoh manda suas notas para serem encontradas por eles, porém eles aprendem que o fator essencial para realmente fazer a Pedra são os sacrifícios humanos. O amigo de Mustang, Maes Hughes, continua sua pesquisa, mas é morto a tiros com uma Inveja disfarçada por encontrar as estratégias dos Homúnculos.
Vendo com Izumi, os Elrics descobrem que a transmutação humana foi perpetrada por ela em seu filho natimorto. O homúnculo rebelde Greed captura Alphonse, mas é salvo pelo presidente da Amestris, King Bradley, que funciona como o homúnculo Wrath. A ganância é assim dissolvida e reabsorvida dentro do Pai originador dos Homúnculos. Winry e os Elrics voltam para Central City para ir com Hughes, mas ficam sabendo de seu falecimento. A tenente Maria Ross é acusada de homicídio de Hughes, mas aparentemente é morta por Mustang. No entanto, Edward descobre que a partida de Ross foi encenada para que ela pudesse ser contrabandeada por Mustang dos Estados Unidos para Xing, ajudado pelo príncipe Xingese Ling Yao. Hohenheim é reunido por Eduardo, mas o despreza por sua longa ausência na residência.
Conforme a narrativa avança, os Homúnculos são encontrados pelos protagonistas repetidamente. Mustang mata a luxúria; Mustang e Ling capturam Gluttony, porém ele acaba consumindo Envy em sua barriga nula, e Edward, como Ling. Gluttony leva Alphonse para encontrar o Pai, mas Ling se transforma em um homúnculo, especificamente o mais novo avatar de Greed, quando os outros escapam da barriga de Gluttony. Os Elrics são liberados para continuar sua perseguição, desde que o pai não se oponha a eles.
Localizando um túnel subterrâneo sob Briggs, o General Olivier Armstrong encontra o Pai e os Elrics estão criando um grupo de transmutação nacional e pretende dar aos seus cidadãos para que ele seja capaz de ascender à divindade. A ganância se recupera e trai as memórias do pai e de seu eu anterior, juntando-se depois, e a Edward, os asseclas quimera de Kimblee Hohenheim. Hohenheim revela a seus filhos individualmente que ele não é mortal, transformado em uma Pedra Filosofal viva pelo Pai quatrocentos anos atrás.
O Dia da Promessa chega e o Pai se prepara para começar sua estratégia tendo um eclipse e aqueles que tentaram a transmutação humana como seus sacrifícios que são essenciais. Os vários protagonistas entram em conflito com os asseclas do Pai, com todos os Homúnculos expirando. Seguindo um Mustang forçado, assim como os Elrics, Izumi, Hohenheim são coletados como as causas que o pai ativa a transmutação nacional. No entanto, Scar e Hohenheim ativam os Amestrians para serem salvos por contra-medidas. A ganância é arruinada pelo pai, embora o pai seja encarado acima do solo, onde os protagonistas o lutam para destruir sua Pedra Filosofal.
Alphonse, cuja armadura está quase arruinada no último conflito contra o Pai, dá seu espírito para recuperar o braço direito, que por sua vez destrói a Pedra do Pai, enviando-o de volta ao etéreo Portão da Verdade de Eduardo. Edward perde seu poder de fazer alquimia para recuperar a alma e o corpo de Alphonse. Hohenheim vê o túmulo onde morre com um sorriso de Trisha.